甲基化测序是检测DNA分子中甲基化修饰位点的基因测序技术，主要通过定位5-甲基胞嘧啶等表观遗传标记，揭示甲基化模式与基因表达调控的关联 。
该技术基于免疫共沉淀富集甲基化DNA片段，结合高通量测序进行数字化定量分析，具备全基因组覆盖、高精度定位（±50碱基内）及跨物种通用性等特性。其标准流程涵盖MeDIP富集、文库构建、测序及生物信息分析，可提供甲基化区域注释及差异分析等服务 。
早期方法依赖DNA杂交芯片，存在交叉干扰问题 。2013年后，单分子实时（SMRT）测序技术被引入，通过实时监测DNA聚合酶动力学信号，直接识别N6-甲基腺嘌呤等修饰类型，提升了检测分辨率 。同时，MeDIP-Seq等技术革新进一步推动了低成本全基因组甲基化图谱的绘制 。
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