LD（连锁不平衡）是遗传学中描述不同基因座等位基因非随机关联现象的术语，用于评估基因连锁程度、定位复杂疾病相关位点及研究人类演化迁移 。
其核心原理基于单倍型实际频率与理论独立分布频率的差异，差异值D用于量化关联程度。常用指标D'（标准化D值）反映重组事件累积，r²（相关系数平方）衡量统计关联强度，二者各有适用场景。例如在小豆遗传研究中，基于r²的SSR标记分析揭示了LD水平与遗传距离的定量关系，为关联分析提供方法学依据 。
早期连锁不平衡分析以D为基准，但因依赖等位基因频率，逐渐发展为D’和r²的联合应用。D’易受样本量和小频率等位基因影响，可能导致高估关联程度；r²因独立于频率特性更适用于跨研究比较。实际应用中需结合两者特性谨慎评估数据可靠性 。
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