石器时代的版本变迁历程复杂多样，不同地区经历了不同的代理和更新。在日本，主要由DIGIPARK代理，而中国大陆则经历了四个主要时期:
1.0-原始石器时代（等级上限120级，无家族系统，无骑乘宠物，增加交易和包月系统，点数调整为1分钟0.12点）
2.0-家族开拓史（等级上限提升至140级，AI系统和飞行功能加入，家族与骑宠系统也随之出现）
2.5-精灵王传说（宠物转生、天空之岛等新地图和攻击性魔法增加）
3.0-伊甸新大陆（五大城市和宠物新技能的引入）
4.0-新9大家族（五大庄园、10种新骑宠等多元化内容）
5.0-宠物进化（宠物融合系统引入）
6.0-海贼王遗迹（泪之海和海底任务，新道具和宠物）
7.0-石头就业所（职业系统和密语装备等新内容）
7.5-精灵的召唤（职业技能和角色转职等升级）
8.0-失落的世界（大陆称为新石器时代，新增宠物装备、导师和回炉系统）
8.5-魔域大冒险（台湾独有，全新冒险地图和系统，如魔军讨伐奖励、日常活动和荣誉值商城）
台湾地区在8.5版本后由陶朱科技代理，大陆则在胜思网络代理下更新至8.5，与2.5版本并存，但游戏内容更新较为平淡，商城虚拟道具价格昂贵。
一、考古学名称，是考古学对早期人类历史分期的第一个时代、即从出现人类到铜器的出现、大约始于距今二三百万年、止于距今6000至4000年左右。这一时代是人类从猿人经过漫长的历史、逐步进化为现代人的时期。二、一款网络游戏名称，现已停止运营。
