机甲兽神的第一部剧情围绕着勇敢的主角延羽展开。在科学家父亲的引导下，延羽和伙伴林嘉静从金波城出发，踏上了一段寻找环保真理的旅程。他们游历各地，结识了凌义和基洛等环保志士，一起努力改变那些偏离正轨的人们，恢复了绿荫市的生机，净化了水之都的海水，平息了炎部落的山火。在故乡的抗争中，他们成功阻止了希特的科技破坏，但随后沙砾市遭遇邪灵组织入侵。假冒机甲五勇士的人企图窃取灵土矿石——生命之源的核心。延羽、基洛和希阳寻找守护矿石的灵驼，而凌义与嘉静则坚守沙砾市。凌义发现哥哥加入邪灵，面对亲情与责任的冲突，他勇敢战斗。在沙漠中，延羽与薯太郞结下友谊，但为了保护驼群，延羽受伤严重。关键时刻，延羽召唤出无双龙神击退敌人，生命之源被灵驼修复。在得知邪灵的阴谋后，凌义背叛加入，获取了邪灵大本营的信息。在一场大战中，凌义击败了敌人，但基洛的机甲被毁。最后，他们发现邪灵的目标是金波城的黄金圣杯和灵狮化石。延羽等人分别行动，延羽与向荣寻找黄金圣杯，途中遭遇挑战。嘉静等人发现化石，并在战斗中失去了烈火灵狮，但成功研制出新的机甲。最终，他们救出博士，发现向荣的真实身份，决定阻止邪灵的计划。在危急时刻，众人合力击败罗煞，但世界依然面临机械化危机。在机甲召唤器的能量下，他们理解到守护世界是机甲兽神的使命。尽管痛苦，他们选择了告别机甲，世界得以恢复和平。
