北方民族大学研究生处是负责学校研究生教育与学科建设的管理机构，下设招生科、管理与培养科、学位与学科建设科三个科室。该处主要承担研究生招生计划制定、培养方案实施、学位授予审核及学科建设规划等职能，同时负责导师队伍建设。
学校现有中国少数民族史、生态学、电路与系统等硕士授权点。其中中国少数民族史硕士点成立于2003年，研究方向涵盖西北边疆民族史、西夏学等领域，产生《英藏黑水城文献》等代表性成果；生态学硕士点依托国家民委生态系统模型与应用重点实验室，聚焦植物资源利用研究方向；电路与系统硕士点设置信号检测与信息处理、计算机控制系统两个方向。
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