环境工程实验室是南京化工大学城市建设与安全环境学院实验中心下属机构，由原环境监测实验室和环境微生物实验室整合组建而成。实验室下设环境监测、环境微生物、环境专业实验室三大功能区，主要承担环境科学与工程专业的教学实验任务。
该实验室经学校持续建设，面积从180平方米扩展至600平方米，配备原子吸收光谱仪、高效液相色谱仪等设备。每年为约180名学生开设实验课程，其中综合设计性实验占比超80%，并依托专业教师设计实验项目。实验室同时支撑约100名本科生毕业论文实验及研究生培养，提供实验条件保障 。
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