农村土地整治工程是解决城市化进程中建设用地增加与保护耕地矛盾、提高土地利用率的创新之举。2003年国土资源部颁布实施《全国土地开发整理规划》，确立以新增建设用地土地有偿使用费、耕地开垦费、土地复垦费以及土地出让收入用于土地开发的部分作为专项资金来源。
中央财政通过中央分成新增费安排37.6亿元，专项用于河南省南水北调渠首及沿线、湖北省南水北调汉江沿线、湖南洞庭湖区基本农田建设、云南“兴地睦边”、宁夏中北部等土地整理重大工程项目建设，同时带动地方投入29.5亿元。
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