核酸检测系统是用于核酸检测的自动化系统，在疫情防控、公共卫生监测、医学研究等领域应用 。科华生物控股子公司西安天隆科技的全自动核酸纯化及扩增检测分析系统获得国家药监局颁发的医疗器械注册证 。
这类系统通常集样本处理、核酸提取、扩增检测等功能于一体，实现全流程自动化，以提高检测效率和准确性 。核酸检测的核心技术是PCR（聚合酶链式反应），其技术从第一代定性PCR、第二代荧光定量PCR向第三代数字PCR发展，全自动一体化核酸检测系统是未来的发展方向。部分系统具备高通量检测能力，适用于大规模筛查 ，例如清华大学美术学院赵超团队设计的“面向新冠肺炎及六项呼吸道病毒核酸检测产品” 。此外，还有专注于样品质量控制的自动化电泳分析系统，如安捷伦4200 TapeStation系统，用于评估核酸完整性，可获得RNA完整值(RINe)、DNA完整值(DIN)和游离DNA百分比(%cfDNA) 。2022年9月，成都市在全域核酸检测期间，核酸检测系统出现异常 ；由东软集团承建的“东软全场景疫情病原体检测信息系统”因对短时超大并发量预估不足，系统出现响应延迟、卡顿等问题 。
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