集成系统与系统集成的结构、功能和侧重点各不相同。集成系统采用自上而下的结构，先建立控制网络，之后再扩展出各个功能子系统。而系统集成则采取自下而上的结构，先建立各个功能子系统，之后再构建集成网。在功能方面，集成系统的前端设备通常是多功能且开放的，具备扩展性，而系统集成的前端设备则是单一功能、封闭且不可扩展的。集成系统侧重于软件开发和编程，主要职责是编写代码，构建软件。而系统集成则更注重系统设备的调试，工作重心偏向施工现场。系统集成的特点包括：合理性和成功实施的关键在于性能性价比的高低评价；技术、管理和商务三方面综合组成，技术为核心，管理与商务保障项目成功；系统集成不仅包含设计、调试与开发的技术能力，还涉及复杂的项目管理；选择产品和技术应以用户需求和投资规模为依据，而非单纯追求最优解决方案；最终目标是满足用户需求。系统集成是一项复杂而精细的工作，它不仅涉及技术层面的设计与调试，还需要综合考虑项目的管理与商务因素。系统集成的核心在于满足用户的具体需求，而非仅仅依赖于设备的先进程度或技术的领先性。系统集成项目的成功实施，需要平衡技术、管理与商务三方面的因素，确保最终的解决方案能够最大化地满足用户的需求，同时实现投资回报的最大化。
