生态系统结构是生物与非生物要素在时空上有序组合形成的系统框架，包含物种结构、时空结构和营养结构三方面。物种结构由生物种类、种群数量及时空分布与时间变化构成；时空结构体现生物类群在水平地理空间的镶嵌性分布（如洪积扇植被梯度变化）和垂直分层的成带排列（如山地植被垂直带谱） ；营养结构以生产者、消费者和分解者通过食物链与食物网形成能量流动关系 。
景观生态系统空间结构具有斑块、廊道、基质和边缘带等元素，其组合形式包括斑散布型、格状组合型等，可通过多样性指数、聚集度指数等指标量化分析 。湖北省金湖湿地通过退渔还湖、河湖连通等措施修复生态系统，使维管束植物增至204种、鸟类增至182种 。斧头湖流域通过司法协作机制推动全域治理，改善水域岸线管理及水污染防治效能 。中国旱区生态系统结构与功能研究揭示了植物多样性时空格局及环境胁迫互作机制 。
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