731部队并未被军事力量直接消灭，而是在1945年8月日本战败前夕主动撤离并销毁罪证。
1945年8月，苏联红军进攻中国东北，731部队在队长石井四郎指挥下紧急撤退。他们采取了一系列措施来掩盖其罪行。一方面进行销毁证据的行动，炸毁了哈尔滨平房区的基地建筑，焚烧了实验资料，还释放了实验动物，试图掩盖其进行细菌战和人体实验的罪行。另一方面进行人员撤离，其核心成员乘坐专机逃往日本，普通成员则分批次乘坐列车回国，部分成员还将实验数据和物资进行了秘密转移。
战后，由于美国的庇护，该部队未受到应有的审判。部队的多数成员隐姓埋名，部分成员甚至以医生、学者的身份继续活动。不过，随着时间的推移，731部队的罪行通过历史研究和罪证的公布逐渐被揭露，相关遗址和档案成为了其罪行的永久罪证，让世人得以了解这支部队曾经犯下的不可饶恕的恶行。
