《重返上海滩》讲述了毕凡十年间历经生死、复仇与成长，最终以智慧和法律战胜黑恶势力的故事，具体剧情如下：
十年前：背叛与逃亡毕凡因身手不凡闻名上海滩，在帮派斗争中与投靠他的杜邦结为生死之交。杜邦却早已与黑社会大佬谭世杰勾结，设下苦肉计，借毕凡之手除掉华商会会长胡万龙，称霸上海滩。毕凡新婚妻子雪如识破杜邦真面目后惨遭毒害，毕凡不明真相，被追杀重伤后被迫逃离上海。
十年后：隐姓埋名归来杜邦成为巡捕房华总探长，与谭世杰继续横行黑白两道。毕凡隐姓埋名回到上海，借侦探小说包装自己，重开“东方福尔摩斯侦探所”，誓以自己的方式复仇。杜邦惊恐之余，暗中挑拨毕凡与谭世杰正面冲突，企图渔翁得利。
情感纠葛与西药公司案酷似雪如的女孩林曼华（雪如表妹）出现，巡捕房探员周鸣暗恋曼华，却因她崇拜毕凡而心生醋意，处处与毕凡作对。杜邦之女杜真狂追周鸣，四人情感交织。谭世杰勾结杜邦，企图侵吞曼华之父林豫宗的西药公司。林家养子朱世钧被杜邦情妇虞菲菲勾引，意外死亡。毕凡接手此案，通过推理揭露朱世钧因抢钱逃亡被林豫宗错手杀死，曼华救父心切冒名顶罪，反被杜邦利用致林豫宗被逼死狱中。毕凡力挽狂澜，保全曼华和公司。谭世杰恼羞成怒，令毕凡负伤危在旦夕。
水乡连环命案与真相揭露毕凡与曼华暂避水乡，卷入谭家大宅连环命案：儿媳、老爷、丫环相继中毒身亡，二太太陷害大太太。毕凡与曼华设局诈出真凶，并破解二太太瘫痪儿子投毒的伎俩。谭世杰爪牙颠倒黑白，反将二人扣押，周鸣及时赶来救出毕凡。三人杀回上海滩，人证物证俱在，杜邦却暗中通缉谭世杰。谭世杰垂死之际向毕凡说出当年秘密，但因无铁证，毕凡只能继续与杜邦周旋。
玉蟾蜍案与杜邦真面目杜邦投靠新督军，国宝玉蟾蜍重现江湖打乱其计划。神偷一枝梅故意挑起杜邦与督军冲突，毕凡识破其伪装后，一枝梅揭露玉蟾蜍与前任华总探长之死有关，杜邦正是幕后真凶。全剧进入高潮，杜邦当着毕凡的面谋杀督军，毕凡通过蛛丝马迹侦破谜案。杜邦绑架前任华总探长之女非儿，毕凡凭借严密逻辑，假借杜邦亲信供词，将其罪行一一推理揭露。
最终对决与结局杜邦在混战中误杀爱女杜真，彻底崩溃，哀求毕凡手刃自己。毕凡拒绝暴力复仇，坚持让杜邦接受法律审判。雨过天晴，毕凡与曼华在雪如墓前相约抚平创伤，携手迎接新生活。
