《蝙蝠侠：黑暗骑士崛起》讲述了蝙蝠侠布鲁斯·韦恩在隐居八年后，为拯救哥谭市再度出山与恐怖分子贝恩展开殊死搏斗的故事。
故事发生在检察官哈维·登特死后的八年间。这八年间，哥谭市在戈登警长的努力下，犯罪活动得到有效遏制，看似和平，实则暗流涌动。蝙蝠侠布鲁斯·韦恩因背负谋杀登特的罪名，被警方通缉，在哥谭市销声匿迹，隐居于韦恩庄园。
平静被恐怖分子贝恩打破。猫女赛琳娜（职业惯偷）带着不为人知的计划归来，她偷走布鲁斯母亲的珍珠项链并提取了他的指纹，带着指纹与雇主交易，虽遇黑吃黑但凭借身手逃脱。贝恩利用猫女偷取的布鲁斯指纹，在证券交易所植入程序偷走他的资产，致使韦恩集团面临破产，布鲁斯被赶出董事会。
戈登警长追捕罪犯至下水道，因寡不敌众被贝恩抓住，贝恩从戈登身上搜出未公布的发言稿，得知了蝙蝠侠的真实身份，戈登趁机逃走。警察布雷克找到布鲁斯，告知他下水道有一支地下军队，人们需要蝙蝠侠。之后，贝恩绑架韦恩集团董事，威胁他们打开核动力能源系统，让核物理学家拆下原子核当作核弹，企图炸毁哥谭市。他还引爆炸弹，致使几千警察被困地下，外面彻底落入其掌控，并在电视上公布了哈维和蝙蝠侠的真相，哥谭市陷入骚乱，核弹爆炸进入倒计时。
布鲁斯在与贝恩打斗后脊椎受伤，被扔进地牢。看到电视报道的情况后，他努力锻炼，希望逃出地牢拯救哥谭市。最终，布鲁斯成功逃出地牢，与贝恩展开最终对决，打败了贝恩，并驾驶飞机将核弹带离哥谭市，在海上引爆，拯救了哥谭市。
