中药配方专利申请仅适用于发明专利类型，流程包括准备申请文件、提交申请、受理审查、缴费、初步审查、公开及实质审查、授权，费用包括申请费、公布印刷费、实质审查费，符合费减条件的可减缴部分费用。具体如下：
申请人准备申请文件
发明申请文件包括：发明专利请求书、说明书摘要、权利要求书、说明书。
必要情况下，还应提交相关的说明书附图、摘要附图。由于中药配方专利的创新点在于诸味药材的相互配伍和用量，因此在准备文件时要详细阐述这些内容，以体现配方作为一个整体发挥的药效。
提交申请至专利局
提交途径有两种，申请人可任选其一：
纸质版申请：可以面交或者邮寄至专利局受理大厅，或者专利局在各地的代办处。
电子版申请：通过CPC客户端编辑文件提交，或者使用电子申请系统网页版进行在线提交。
专利局进行受理审查
专利局收到申请人提交的申请文件后，会审查是否存在不受理的理由，如文件格式不对、缺少必要文件内容等。
若审查合格，专利局会发出受理通知书和缴纳申请费通知书；若不合格，则发出不予受理通知书。
申请人缴纳申请费
发明专利申请费为900元，公布印刷费50元，实质审查费2500元。
已办理费减备案的申请人，可以根据自身情况请求减缴85%或者70%的费用。
专利局启动初步审查
专利局审查员会根据专利法、专利法实施细则、审查指南中的规定，对专利内容逐一审查。
若发明专利申请符合初审条件，专利局会发出初审合格通知书；若不符合初审条件，则发出补正通知书或审查意见通知书，要求申请人在通知书指定期限内提交补正或答复审查意见。经答复符合初审条件的，发出初审合格通知书；经答复仍未克服通知书指出缺陷的，发出驳回通知书。
发明专利初审合格的，进入公开及实质审查步骤
申请人需提出实质审查请求，并缴纳实质审查费。专利局在完成公布后，会启动实质审查程序。
专利局审查员会根据相关规定，对发明专利的实质授权要求进行逐一审查。
授权阶段
若符合授权条件，专利局会发出授予专利权通知书。
若不符合实审条件，专利局会发出补正通知书或审查意见通知书，要求申请人在通知书指定期限内提交补正或答复审查意见。经答复符合授权条件的，发出授予专利权通知书。
