《钢之炼金术师FA》（2009年版本）被广泛认为是“神作”，而2003年版本的评价则存在一定争议。以下从两个版本的差异和评价角度展开分析：
2009年播出的《钢之炼金术师FA》是漫画原作的完整动画化版本，其核心优势在于忠实还原原作剧情。该版本从漫画第1话开始改编，完整呈现了爱德华与阿尔冯斯兄弟为寻找“贤者之石”而展开的冒险，以及背后关于“等价交换”原则的深刻探讨。剧情紧凑无拖沓，逻辑严密且无原创剧情干扰，使得故事主题（如对生命、伦理、权力的思考）得以完整传递。此外，FA版本的制作质量稳定，角色塑造立体，尤其是对反派“父亲大人”的动机刻画，进一步深化了作品的哲学深度。这些特点使其在观众和评论界中获得了近乎一致的高评价，被视为“零差评神作”。
2003年播出的《钢之炼金术师》动画在漫画未完结时制作，因此采用了原创结局。该版本前半部分基本遵循漫画剧情，但后半部分因漫画尚未完结而自行创作，引入了“人造人”等新设定，并探讨了与原作不同的主题（如对“神”的质疑）。这种改编虽然展现了制作组的创意，但也导致剧情逻辑与原作产生割裂，部分观众认为其结局过于晦涩或偏离主题。尽管如此，2003年版本仍凭借早期动画化的影响力、对兄弟情感的细腻刻画，以及独特的艺术风格，被部分观众视为“神作”。但其评价两极分化明显，争议点主要集中在原创剧情的合理性上。
若以“神作”标准衡量，2009年FA版本因忠实原作、主题深刻、制作精良，更符合大众对“神作”的期待；而2003年版本虽因创新尝试和情感表达获得部分认可，但原创剧情的争议使其难以被普遍视为“神作”。
