《还珠格格第二部》共48集，剧情围绕小燕子、紫薇等人的宫廷与江湖经历展开，核心冲突源于情感纠葛与身份认同，最终以团圆与和解收尾。
故事开篇以倒叙手法呈现惊险场面：小燕子与紫薇因“欺君”罪被押赴刑场问斩。时间回溯至半年前，皇太后携晴儿回宫后，对小燕子“不守规矩”的行为极为不满，加之皇后与容嬷嬷挑拨，二人宫廷生活陷入困境。此时，回疆公主香妃被送入宫中，其独特气质引发皇帝强烈兴趣，但香妃心系青梅竹马的蒙丹，对皇帝的追求断然拒绝。小燕子等人得知蒙丹与香妃的深情后，决心助其私奔。
行动中，众人结识侠客萧剑，其神秘身份与小燕子的“兄妹感”引发永琪猜忌，后揭晓萧剑实为小燕子失散多年的亲兄长。与此同时，令妃诞下十五阿哥（未来的嘉庆帝），众人借其周岁宴掩护香妃出宫。皇帝震怒之下下令问斩两位格格，虽在众阿哥求情中一度动摇，但闻五阿哥永琪与尔康“逃狱”后，决意逮捕。
逃亡途中，皇后派杀手追击，导致金锁坠崖、紫薇失明、尔康重伤。萧剑协助众人脱险，金锁与柳青因劫难生情，决定成婚。紫薇在尔康悉心照料下奇迹复明，众人举办简易婚礼后，福伦奉旨寻回，并传达皇帝赦免令。然而，众人因皇帝反复无常拒绝回宫，皇帝亲赴江南劝说无果，最终赐予紫薇、小燕子各三面金牌令箭及盘缠，二人感念皇恩决定返宫。
回宫后，皇帝揭露皇后暗中追杀真相，欲严惩容嬷嬷与皇后，紫薇、小燕子以金牌令箭求情。皇帝将十二阿哥交予令妃抚养，紫薇再次求情使其归回皇后。经历波折，皇后与容嬷嬷悔悟，皇太后亦向众人致歉。此外，晴儿与萧剑初遇暗生情愫，小燕子与紫薇大婚时因同时出阁引发“走错洞房”的插曲，为剧情增添喜剧色彩。
该剧通过宫廷权谋、江湖义气与爱情纠葛的多线叙事，展现了人物在逆境中的成长与情感升华，最终以和解与新生传递积极主题。
