涡阳县卫生局曾是涡阳县人民政府工作部门，负责贯彻执行国家和省卫生法律法规，推进医药卫生体制改革，并管理全县的疾病预防控制、卫生应急、医疗服务监督以及基层医疗卫生等工作。其部门决算包含局本级及多个下属事业单位 。
2004年至2011年，曹锡君曾任原涡阳县卫生局局长 。该局曾牵头店集镇中心卫生院住院部综合楼建设项目 。在2011年涡阳丙肝疫情期间，卫生局组织开展了流行病学调查，印制丙肝防治知识宣传材料，并对全县医疗机构进行院感控制和安全注射专项督查 。其下属机构涡阳县卫生局卫生监督所，注册地址为城关镇淮中大道116号，该机构已注销 。
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