在冲绳附近的海域，暮世正在海之城的石油开采平台上工作。突然，一个类似蛇形的不明生物袭击了这座城市，导致人工岛沉没，多数居民不幸丧生。暮世的前妻和十岁女儿乘坐的观光潜艇被困海底，两人虽然幸免于难，但其他乘客的下落不明。日本自卫队追踪到这个神秘生物，派出新型潜艇DSRV进行调查，这一行动被暮世通过海底监视器察觉。他向自卫队求助，请求救援。面对潜艇位置暴露，自卫队高层勉强决定派遣DSRV参与救援，潜艇装备了军方秘而不宣的三维声纳成像仪，它能形成清晰、范围广且杂讯少的三维立体影像，处于世界军事技术前沿。驾驶DSRV的两名自卫队军人严守机密，但暮世为了拯救家人，毅然登上潜艇。在救援过程中，他们遭遇不明生物的攻击。在与“大蛇”的对抗中，暮世意外接触到三维声纳成像仪，揭示了“大蛇”的真相：它是由超常平衡波浪构成的，极少数情况下能形成具有生命的“孤立子”。他的前妻，一个三维成像技术的专家，迅速理解了这一原理，成为现场技术指导。然而，这一日本军方的核心技术却意外落入非本国技术人员之手。为避免直接冲突，DSRV躲入海底基地，但基地周围出现了一片奇异的“冷水海”，它包围了基地并干扰了通信。自卫队在三天前的试验中意外分离出“冷水海”的一部分，形成“大蛇”。面对攻击，暮世利用三维声纳成像仪的力量，将自己的精神附身于“冷水海”上，化身第二条“大蛇”，与“大蛇”进行激战，最终成功击败了它，保护了女儿的安全。
