巴音郭楞蒙古自治州人民政府（The People's Government of Bayingolin Mongolian Autonomous Prefecture），是新疆维吾尔自治区巴音郭楞蒙古自治州的国家行政管理机关，位于新疆维吾尔自治区巴音郭楞蒙古自治州库尔勒市巴音东路62号，是巴音郭楞蒙古自治州人民代表大会的执行机关，对巴音郭楞蒙古自治州人民代表大会和新疆维吾尔自治区人民政府负责并报告工作，在巴音郭楞蒙古自治州人民代表大会闭会期间，对巴音郭楞蒙古自治州人民代表大会常务委员会和新疆维吾尔自治区人民政府负责并报告工作，依法行使行政职权。
巴音郭楞蒙古自治州人民政府分别由州长、副州长、秘书长、局长和委员会主任等组成，实行州长负责制，受中华人民共和国国务院领导，每届任期五年。
现任州长为阿西克特。 其政府门户网站由巴音郭楞蒙古自治州电子政务和大数据发展服务中心承办，是政府信息公开的渠道之一。
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