温州市食品药品监督管理局是温州市人民政府直属工作部门，负责全市药品、医疗器械、保健食品、化妆品及餐饮服务食品的安全监督管理，统筹制定地方性政策并履行行政许可、日常监管等职能。其职责涵盖餐饮服务规范管理、药品全生命周期监督、特殊药品管控及突发事件应急处置，内设办公室、行政审批处等8个职能处室，承担检验检测指导、执业药师资格管理等事务 。
该局2013年推行政府信息公开，出台《温州市食品药品监督管理局政府信息公开暂行办法》，搭建市级食品药品安全信息网及共享平台，联合媒体开设《温州食品安全报告》专栏，并设立96317投诉热线，全年主动公开信息2260条 。根据2014年监管体制改革意见，其派出机构温州市食品药品监督管理局经济技术开发区分局成立，负责辖区内食品药品安全监管及行政执法工作 。
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