科摩罗伊斯兰联邦共和国国旗是科摩罗伊斯兰联邦共和国的官方旗帜，现行版本制定于2002年1月7日。国旗由绿色三角形、黄白红蓝四色横条组成，中央绘有白色新月图案，下方排列四颗白色五角星，旗面环绕法文与阿拉伯文国名及'团结、正义、进步'字样 。
绿色与新月象征该国作为伊斯兰国家的属性，呼应阿拉伯语国名'月亮群岛'的寓意。四颗五角星与四色横条代表四个主要岛屿：黄色对应莫埃利岛，白色代表马约特岛，红色象征昂儒昂岛，蓝色指代大科摩罗岛 。科摩罗群岛因盛产香草被称为'香岛' 。
旧版新月与星辰的位置与现行版本存在差异 。现行设计中四岛屿的象征元素被明确细化为星体和色条结合的复合表现形式 。
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