水利基金是国家设立的政府性基金，由中央水利建设基金和地方水利建设基金组成，依据《中华人民共和国防洪法》第五十一条设立，专项用于防洪工程和水利工程的维护和建设。中央基金来源于车辆购置税、铁路建设基金等中央政府性基金的3%提取，地方基金通过从地方收取的政府性基金(收费、附加)中提取3%及有重点防洪任务的城市从征收的城市维护建设税中划出不少于15%的资金等方式筹集，资金纳入财政预算管理并实行专款专用 。
该基金自1997年起实施，2011年《水利建设基金筹集和使用管理办法》明确了中央与地方基金的来源及管理机制。2020年起，向企事业单位和个体经营者征收的水利建设基金划转至税务部门征收 。水利基金列入一般公共预算收入科目“水利建设专项收入”，对月销售额不超过10万元或季度销售额不超过30万元的缴纳义务人实行免征政策 。
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